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感染症のように好ましくない関係があれば、好ましい関係もあるはずです。地球上の生物は、海で微生物として発生したと考えられています。太古の海から現在 の海まで海水中には大量の微生物が生きています。海水中の生物は体の表面が消化管を含めて海水に接しているので表面と消化管に相当する部分を微生物に覆わ れている状態です。

海水中と比べて、空気中に浮遊している微生物は極わずかですが、陸に上がった生物の表面と外界と通じている消化管や気 道は海の中と似た状態で、大量の微生物が生きています。これら微生物を部位ごとに皮膚の「常在菌叢（じょうざいきんそう）」、気道の粘膜の「常在菌叢」や 消化管の「常在菌叢」と呼びます。

ヒトと常在菌叢の関係は一種の緊張関係です。特に消化管では、微生物の体内への侵入が絶えず試みられています。通常は侵入が起きないので感染症は起きません。免疫力が落ちてくると消化管の粘膜表面がカビで覆われたり、血液中への腸内の細菌の侵入による菌血症が起きます。

し かし、感染症を起こす事もある消化管の微生物からの贈り物が一つあります。ビタミンは食物から摂取しないと不足症が起きますが、例外的にビタミンＫは消化 管の細菌が産生するので、通常は不足症が起きません。ビタミンＫを生み出してくれることはヒトと微生物の好ましい関係といえます。

引用元
http://allabout.co.jp/health/familymedicine/closeup/CU20090114A/